ร้านภูฟ้า ยึดหลักการดำเนินงานที่ผสมผสานแนวคิดการพัฒนาคนและชุมชนในถิ่นทุรกันดารกับ แนวคิดเชิงธุรกิจ กล่าวคือ ส่งเสริมและพัฒนาประชาชนในถิ่นทุรกันดารให้มีอาชีพเลี้ยงตนเองและครอบครัว หรือประกอบอาชีพเสริมนอกเหนือจากการทำเกษตรกรรมซึ่งเป็นอาชีพหลัก โดยไม่ละทิ้งถิ่นฐานบ้านเกิด โดยสำนักงานโครงการสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี ดำเนินการส่งเสริมและพัฒนาอาชีพตามภูมิปัญญาของชาวบ้านในแต่ละท้องถิ่น จัดตั้งกลุ่มอาชีพ และพัฒนาชาวบ้านกลุ่มอาชีพต่างๆ ให้สามารถสร้างผลิตภัณฑ์ที่จำหน่ายได้ และสำนักงานโครงการฯ รับซื้อผลผลิตเพื่อมาจัดจำหน่ายโดยร้านภูฟ้า ทั้งนี้ ร้านภูฟ้าได้ร่วมกับสำนักงานโครงการฯ ดำเนินงานพัฒนาผลิตภัณฑ์ พัฒนาศักยภาพของกลุ่มอาชีพในการผลิตและควบคุมคุณภาพของผลิตภัณฑ์ รวมทั้งพัฒนาเจ้าหน้าที่และชุมชนให้มีความรู้ความเข้าใจในกระบวนการเชิง ธุรกิจที่จำเป็น

ร้านภูฟ้าดำเนินงานจัดจำหน่ายสินค้าในลักษณะธุรกิจขายปลีก โดยร้านมีระบบการจัดการสินค้าคงคลัง ระบบการขาย การตลาด การผลิต และระบบการบริหารงานที่ทันสมัย เช่นเดียวกับธุรกิจขายปลีกชั้นนำทั่วไป โดยร้านภูฟ้าเน้นการดำเนินงานอย่างมืออาชีพ เสนอสินค้าและผลิตภัณฑ์ที่มีคุณภาพดีและด้วยบริการที่ดีให้กับลูกค้า และมีนโยบายที่สำคัญคือ จะนำรายได้เหนือรายจ่ายจัดสรรกลับไปช่วยพัฒนาชาวบ้านตลอดจนเด็กและเยาวชนใน ถิ่นทุรกันดาร
สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงตระหนักว่า ความจำกัดของผลิตภัณฑ์ของชาวบ้านในโครงการฯ อาจเป็นปัญหาต่อการดำเนินงานอย่างยั่งยืนของร้าน เพื่อให้มีรายได้เหนือรายจ่ายกลับไปพัฒนาชาวบ้านในถิ่นทุรกันดารต่อไปได้ จึงทรงพระเมตตาพระราชทานภาพวาดฝีพระหัตถ์ให้แก่ร้านภูฟ้า เพื่อนำไปพัฒนาเป็นสินค้าจากภาพฝีพระหัตถ์ต่างๆ ทำให้ร้านภูฟ้าสามารถดำเนินงานตามวัตถุประสงค์ของร้านได้อย่างต่อเนื่อง